प्रोटीन की अच्छी मात्रा के लिए शिशु के लिए हाईड्रोलाइज्ड फॉर्मूला मिल्क भी अच्छा है। इस हाइड्रोलाइज्ड फॉर्मूले मिल्क को गाय के दूध के प्रोटीन को छोटे-छोटे भागों में विभाजित करके बनाया जाता है ।जिससे शिशु को इसे पचाने में आसानी होती है। इस प्रकार का फॉर्मूला मिल्क उन शिशु के लिए ज्यादा होता है, जो कमजोर होते हैं या उन्हें किसी प्रकार की एलर्जी की समस्या होती है। जिन बच्चों को गाय और सोया मिल्क दोनों से एलर्जी होती है।
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सोया फॉर्मूला मिल्क (Soy-Based Formula)
सोया फॉर्मूला मिल्क प्रोटीन से तैयार किया जाता है। यह उन शिशु के लिए है,जिन्हें लैक्टोस से एलर्जी होती है। इसमें विटामिन और कई जरूरी पोषक तत्वों का भंडार होता है। हालांकि, सोया-आधारित फार्मूला केवल कुछ स्थितियों में उपयोग किया जाना चाहिए। इसे आसानी से पचाया जा सकता है। तो ऐसे बच्चों को डॉक्टर भी लैक्टोज फ्री फॉर्मूला मिल्क देने की सलाह देते हैं।
हाइपोएलर्जेनिक फॉर्मूला (Hypoallergenic formulas)
कुछ ऐसे भी बच्चे होते हैं, जिन्हें दूध के प्रोटीन से एलर्जी होती है। इसलिए कई बार उनमें सांस की प्रॉब्ल्म और रैरेज आदि की समस्या देखी गई है। यहफॉर्मूला मिल्क, दूसरे फॉर्मूला मिल्क की तुलना में महंगे बैठते हैं।